Kongres Budi Utomo yang pertama berlangsung di Yogyakarta pada tanggal 3 Oktober – 5 Oktober 1908. Kongres ini dihadiri beberapa cabang yaitu Bogor, Bandung, Yogya I, Yogya II, Magelang, Surabaya, dan Batavia. Dalam kongres yang pertama berhasil diputuskan beberapa hal berikut.
a. Membatasi jangkauan geraknya kepada penduduk Jawa dan Madura.
b. Tidak melibatkan diri dalam politik.
c. Bidang kegiatan adalah bidang pendidikan dan budaya.
d. Menyusun pengurus besar organisasi yang diketuai oleh R.T. Tirtokusumo.
e. Merumuskan tujuan utama Budi Utomo yaitu kemajuan yang selaras untuk negara dan bangsa.
Terpilihnya R.T. Tirtokusumo yang seorang bupati sebagai ketua rupanya dimaksudkan agar lebih memberikan kekuatan pada Budi Utomo. Kedudukan bupati memberi dampak positif dalam rangka menggalang dana dan keanggotaan dari Budi Utomo. Untuk usaha memantapkan keberadaan Budi Utomo diusahakan untuk segera mendapatkan badan hukum dari pemerintah Belanda. Hal ini terealisasi pada tanggal 28 Desember 1909, anggaran dasar Budi Utomo disahkan.
Dalam perkembangannya, di tubuh Budi Utomo muncul dua aliran berikut.
a. Pihak kanan, berkehendak supaya keanggotaan dibatasi pada golongan terpelajar saja, tidak bergerak dalam lapangan politik dan hanya membatasi pada pelajaran sekolah saja.
b. Pihak kiri, yang jumlahnya lebih kecil terdiri dari kaum muda berkeinginan ke arah gerakan kebangsaan yang demokratis, lebih memerhatikan nasib rakyat yang menderita.
Adanya dua aliran dalam tubuh Budi Utomo menyebabkan terjadinya perpecahan. Dr. Cipto Mangunkusumo yang mewakili kaum muda keluar dari keanggotaan. Akibatnya gerak Budi Utomo semakin lamban. Berikut ini ada beberapa faktor yang menyebabkan semakin lambannya Budi Utomo.
a. Budi Utomo cenderung memajukan pendidikan untuk kalangan priyayi daripada penduduk umumnya.
b. Lebih mementingkan pemerintah kolonial Belanda dari pada kepentingan rakyat Indonesia.
c. Menonjolnya kaum priyayi yang lebih mengutamakan jabatan menyebabkan kaum terpelajar tersisih.
Ketika meletus Perang Dunia I tahun 1914, Budi Utomo mulai terjun dalam bidang politik. Berikut ini beberapa bentuk peran politik Budi Utomo.
a. Melancarkan isu pentingnya pertahanan sendiri dari serangan bangsa lain.
b. Menyokong gagasan wajib militer pribumi.
c. Mengirimkan komite Indie Weerbaar ke Belanda untuk pertahanan Hindia.
d. Ikut duduk dalam Volksraad (Dewan Rakyat).
e. Membentuk Komite Nasional untuk menghadapi pemilihan anggota volksraad.
Budi Utomo mampu menerbitkan majalah bulanan Goeroe Desa yang memiliki kiprah masih terbatas di kalangan penduduk pribumi. Sejalan dengan kemerosotan aktivitas dan dukungan pribumi pada Budi Utomo, maka pada tahun 1935 Budi Utomo mengadakan fusi ke dalam Partai Indonesia Raya (Parindra). Sejak itu BU terus mengalami kemerosotan dan mundur dari arena politik.